Целевое назначение оценки инновационных проектов может существенно различаться в зависимости от источника (государственного, регионального бюджетов, хозяйствующего субъекта) финансирования. Это связано с тем, что именно различие проектов объективно должно отражать интересы конкретных инвесторов.
Так, федеральные органы представляют интересы всего общества, и финансируемые ими проекты определяют задачи, которые, кроме них, никто не решит. Такие же задачи ставятся перед проектами, инвестируемыми региональными органами управления и хозяйствующими субъектами.
На государственном уровне инвестиции в инновационные проекты в первую очередь направлены на решение задачи безопасности жизнеобеспечения страны в области технологии, продовольствия, экологии.
Впервые в России встал вопрос о технологической безопасности государства вследствие неуклонного снижения финансирования науки и инновационной деятельности, не восполняемого износа основных производственных фондов, достигшего угрожающей величины, резкого сокращения экспорта машиностроительной продукции, наибольшего спада производства в наукоемких отраслях промышленности.